استاد سید محمد علی ابطحی جریان طلبگی خود را در حوزه علمیه آیت الله مجتهدی (ره) شروع کردند و برای ادامه تحصیل در مقطع سطوح عالی به شهر مقدس قم هجرت نمودند. در شهر قم از دروس مکاسب و کفایتین آیت الله ستوده استفاده می¬کنند و درس خارج فقه و اصول را نزد آیت الله میرزاجواد تبریزی ادامه می¬دهد و تقریرات کاملی از دروس ایشان تهیه می کنند. از جمله هم مباحث های دوران تحصیل ایشان می توان به حجج اسلام کازرونی و وحیدپور اشاره کرد.